因為嬰幼兒益生菌會被抗菌藥物殺死，所以在服用完有抗菌殺菌療效的藥物后就即可補充益生菌，是根本起不了益生作用的，如果要服用抗菌藥物和益生菌，建議相隔2小時以上再服用益生菌。

　　酒精是一種常用的殺菌消毒劑，酒中酒精含量高，不宜與益生菌同時服用。，因為酒喝下去之后，直接刺激并損害消化系統，特別是對胃黏膜有不良影響。酒的度數越高，這種刺激越明顯，甚至還會導致腸道菌群平衡的破壞。

　　益生菌作為一種活菌在人體內存活，其較適生長溫度與人腸道的生長溫度相近，約為37℃。因此，益生菌平常較好保存在陰涼干燥的地方，有的產品甚至需要冷藏。同時，服用益生菌的水溫不應超過40℃，否則益生菌將會被燙死。

　　益生菌是一種厭氧菌，在沒有氧氣的環境下才能好好存活開袋后較好馬上服用，不要因為喝不完等因素留到下一頓服用，因為這時的益生菌早已失去活性。